RUN: /bin/echo ['echo', 'Forking build subprocess...']
Forking build subprocess...
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/unpack-chroot ['unpack-chroot', '1468881-3016418', '/home/buildd/filecache-default/69315e5c826cb52f9fad21f67604a64b5e7eb55c']
Synching the system clock with the buildd NTP service...
26 Jan 16:50:17 ntpdate[558]: adjust time server 10.122.37.1 offset -0.000021 sec
Unpacking chroot for build 1468881-3016418
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/mount-chroot ['mount-chroot', '1468881-3016418']
Mounting chroot for build 1468881-3016418
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/apply-ogre-model ['apply-ogre-model', '1468881-3016418', 'universe']
Attempting OGRE for universe in build-1468881-3016418
No OGRE sources.list found.
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/override-sources-list ['override-sources-list', '1468881-3016418', 'deb http://ftpmaster.internal/ubuntu lucid main universe']
Overriding sources.list in build-1468881-3016418
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/update-debian-chroot ['update-debian-chroot', '1468881-3016418']
Updating debian chroot for build 1468881-3016418
Get:1 http://ftpmaster.internal lucid Release.gpg [189B]
Get:2 http://ftpmaster.internal lucid Release [57.2kB]
Get:3 http://ftpmaster.internal lucid/main Packages [1395kB]
Get:4 http://ftpmaster.internal lucid/universe Packages [5417kB]
Fetched 6869kB in 4s (1481kB/s)
Reading package lists...
Reading package lists...
Building dependency tree...
Reading state information...
The following packages will be upgraded:
  cpp-4.4 g++-4.4 gcc-4.4 gcc-4.4-base libgcc1 libgmp3c2 libgomp1
  libgssapi-krb5-2 libk5crypto3 libkrb5-3 libkrb5support0 libpng12-0
  libssl0.9.8 libstdc++6 libstdc++6-4.4-dev linux-libc-dev openssl
  python2.6-minimal
18 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 19.0MB of archives.
After this operation, 16.4kB of additional disk space will be used.
WARNING: The following packages cannot be authenticated!
  libgomp1 gcc-4.4-base libstdc++6 cpp-4.4 gcc-4.4 g++-4.4 libstdc++6-4.4-dev
  libgcc1 libgmp3c2 libssl0.9.8 python2.6-minimal libgssapi-krb5-2 libkrb5-3
  libkrb5support0 libk5crypto3 openssl libpng12-0 linux-libc-dev
Authentication warning overridden.
Get:1 http://ftpmaster.internal lucid/main libgomp1 4.4.3-1ubuntu1 [25.5kB]
Get:2 http://ftpmaster.internal lucid/main gcc-4.4-base 4.4.3-1ubuntu1 [117kB]
Get:3 http://ftpmaster.internal lucid/main libstdc++6 4.4.3-1ubuntu1 [342kB]
Get:4 http://ftpmaster.internal lucid/main cpp-4.4 4.4.3-1ubuntu1 [3900kB]
Get:5 http://ftpmaster.internal lucid/main gcc-4.4 4.4.3-1ubuntu1 [2872kB]
Get:6 http://ftpmaster.internal lucid/main g++-4.4 4.4.3-1ubuntu1 [5497kB]
Get:7 http://ftpmaster.internal lucid/main libstdc++6-4.4-dev 4.4.3-1ubuntu1 [1526kB]
Get:8 http://ftpmaster.internal lucid/main libgcc1 1:4.4.3-1ubuntu1 [44.9kB]
Get:9 http://ftpmaster.internal lucid/main libgmp3c2 2:4.3.2+dfsg-1 [315kB]
Get:10 http://ftpmaster.internal lucid/main libssl0.9.8 0.9.8k-7ubuntu5 [968kB]
Get:11 http://ftpmaster.internal lucid/main python2.6-minimal 2.6.4-4ubuntu1 [1440kB]
Get:12 http://ftpmaster.internal lucid/main libgssapi-krb5-2 1.8+dfsg~alpha1-4 [126kB]
Get:13 http://ftpmaster.internal lucid/main libkrb5-3 1.8+dfsg~alpha1-4 [370kB]
Get:14 http://ftpmaster.internal lucid/main libkrb5support0 1.8+dfsg~alpha1-4 [42.5kB]
Get:15 http://ftpmaster.internal lucid/main libk5crypto3 1.8+dfsg~alpha1-4 [102kB]
Get:16 http://ftpmaster.internal lucid/main openssl 0.9.8k-7ubuntu5 [406kB]
Get:17 http://ftpmaster.internal lucid/main libpng12-0 1.2.41-1ubuntu1 [180kB]
Get:18 http://ftpmaster.internal lucid/main linux-libc-dev 2.6.32-11.15 [742kB]
debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed
Fetched 19.0MB in 0s (21.9MB/s)
(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libgomp1 4.4.2-9ubuntu4 (using .../libgomp1_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libgomp1 ...
Preparing to replace gcc-4.4-base 4.4.2-9ubuntu4 (using .../gcc-4.4-base_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement gcc-4.4-base ...
Setting up gcc-4.4-base (4.4.3-1ubuntu1) ...
(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libstdc++6 4.4.2-9ubuntu4 (using .../libstdc++6_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libstdc++6 ...
Setting up libstdc++6 (4.4.3-1ubuntu1) ...

Processing triggers for libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Preparing to replace cpp-4.4 4.4.2-9ubuntu4 (using .../cpp-4.4_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement cpp-4.4 ...
Preparing to replace gcc-4.4 4.4.2-9ubuntu4 (using .../gcc-4.4_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement gcc-4.4 ...
Preparing to replace g++-4.4 4.4.2-9ubuntu4 (using .../g++-4.4_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement g++-4.4 ...
Preparing to replace libstdc++6-4.4-dev 4.4.2-9ubuntu4 (using .../libstdc++6-4.4-dev_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libstdc++6-4.4-dev ...
Preparing to replace libgcc1 1:4.4.2-9ubuntu4 (using .../libgcc1_1%3a4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libgcc1 ...
Setting up libgcc1 (1:4.4.3-1ubuntu1) ...

Processing triggers for libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libgmp3c2 2:4.3.1+dfsg-3 (using .../libgmp3c2_2%3a4.3.2+dfsg-1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libgmp3c2 ...
Preparing to replace libssl0.9.8 0.9.8k-7ubuntu4 (using .../libssl0.9.8_0.9.8k-7ubuntu5_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libssl0.9.8 ...
Setting up libssl0.9.8 (0.9.8k-7ubuntu5) ...

Processing triggers for libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Preparing to replace python2.6-minimal 2.6.4-1ubuntu2 (using .../python2.6-minimal_2.6.4-4ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement python2.6-minimal ...
Setting up python2.6-minimal (2.6.4-4ubuntu1) ...
Linking and byte-compiling packages for runtime python2.6...

(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Preparing to replace libgssapi-krb5-2 1.7+dfsg-4 (using .../libgssapi-krb5-2_1.8+dfsg~alpha1-4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libgssapi-krb5-2 ...
Preparing to replace libkrb5-3 1.7+dfsg-4 (using .../libkrb5-3_1.8+dfsg~alpha1-4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libkrb5-3 ...
Preparing to replace libkrb5support0 1.7+dfsg-4 (using .../libkrb5support0_1.8+dfsg~alpha1-4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libkrb5support0 ...
Preparing to replace libk5crypto3 1.7+dfsg-4 (using .../libk5crypto3_1.8+dfsg~alpha1-4_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libk5crypto3 ...
Preparing to replace openssl 0.9.8k-7ubuntu4 (using .../openssl_0.9.8k-7ubuntu5_amd64.deb) ...
Unpacking replacement openssl ...
Preparing to replace libpng12-0 1.2.41-1 (using .../libpng12-0_1.2.41-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Unpacking replacement libpng12-0 ...
Preparing to replace linux-libc-dev 2.6.32-10.14 (using .../linux-libc-dev_2.6.32-11.15_amd64.deb) ...
Unpacking replacement linux-libc-dev ...
Setting up libgomp1 (4.4.3-1ubuntu1) ...

Setting up libgmp3c2 (2:4.3.2+dfsg-1) ...

Setting up cpp-4.4 (4.4.3-1ubuntu1) ...
Setting up gcc-4.4 (4.4.3-1ubuntu1) ...
Setting up libkrb5support0 (1.8+dfsg~alpha1-4) ...

Setting up libk5crypto3 (1.8+dfsg~alpha1-4) ...

Setting up libkrb5-3 (1.8+dfsg~alpha1-4) ...

Setting up libgssapi-krb5-2 (1.8+dfsg~alpha1-4) ...

Setting up openssl (0.9.8k-7ubuntu5) ...

Setting up libpng12-0 (1.2.41-1ubuntu1) ...

Setting up linux-libc-dev (2.6.32-11.15) ...
Setting up libstdc++6-4.4-dev (4.4.3-1ubuntu1) ...
Setting up g++-4.4 (4.4.3-1ubuntu1) ...
Processing triggers for libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/sbuild-package ['sbuild-package', '1468881-3016418', 'lucid', '--nolog', '--batch', '--archive=ubuntu', '--dist=lucid', '--purpose=PRIMARY', '--comp=universe', 'clipper_2.1+20091215-0ubuntu1.dsc']
Initiating build 1468881-3016418 with 2 processor cores.
Automatic build of clipper_2.1+20091215-0ubuntu1 on yellow by sbuild/amd64 1.170.5
Build started at 20100126-1650
******************************************************************************
clipper_2.1+20091215-0ubuntu1.dsc exists in cwd
** Using build dependencies supplied by package:
Build-Depends: debhelper (>= 7), cdbs, autotools-dev, quilt, sfftw-dev, fftw-dev, libgpp4-dev, libmmdb-dev, libtool, autoconf
Build-Depends-Indep: doxygen
Checking for already installed source dependencies...
debhelper: missing
cdbs: missing
autotools-dev: missing
quilt: missing
sfftw-dev: missing
fftw-dev: missing
libgpp4-dev: missing
libmmdb-dev: missing
libtool: missing
autoconf: missing
Checking for source dependency conflicts...
  /usr/bin/sudo /usr/bin/apt-get --purge $CHROOT_OPTIONS -q -y install debhelper cdbs autotools-dev quilt sfftw-dev fftw-dev libgpp4-dev libmmdb-dev libtool autoconf
Reading package lists...
Building dependency tree...
Reading state information...
The following extra packages will be installed:
  automake bsdmainutils diffstat fdupes fftw2 file gettext gettext-base
  groff-base html2text intltool intltool-debian libcroco3 libexpat1
  libgfortran3 libglib2.0-0 libgpp4-0 libhtml-parser-perl libhtml-tagset-perl
  libhtml-tree-perl libmagic1 libmmdb0 libmpich1.0gf libpcre3 liburi-perl
  libwww-perl libx11-6 libx11-data libxau6 libxcb1 libxdmcp6
  libxml-parser-perl libxml2 m4 man-db po-debconf sfftw2
Suggested packages:
  autoconf2.13 autoconf-archive gnu-standards autoconf-doc wamerican wordlist
  whois vacation devscripts doc-base dh-make mpich-bin gettext-doc groff
  libgpp4-doc libdata-dump-perl libtool-doc automaken gfortran
  fortran95-compiler gcj libcrypt-ssleay-perl libio-socket-ssl-perl less
  www-browser libmail-box-perl procmail graphviz
Recommended packages:
  curl wget lynx cvs libglib2.0-data shared-mime-info libltdl-dev
  libmailtools-perl libhtml-format-perl xml-core libmail-sendmail-perl
The following NEW packages will be installed:
  autoconf automake autotools-dev bsdmainutils cdbs debhelper diffstat fdupes
  fftw-dev fftw2 file gettext gettext-base groff-base html2text intltool
  intltool-debian libcroco3 libexpat1 libgfortran3 libglib2.0-0 libgpp4-0
  libgpp4-dev libhtml-parser-perl libhtml-tagset-perl libhtml-tree-perl
  libmagic1 libmmdb-dev libmmdb0 libmpich1.0gf libpcre3 libtool liburi-perl
  libwww-perl libx11-6 libx11-data libxau6 libxcb1 libxdmcp6
  libxml-parser-perl libxml2 m4 man-db po-debconf quilt sfftw-dev sfftw2
0 upgraded, 47 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 17.7MB of archives.
After this operation, 54.9MB of additional disk space will be used.
WARNING: The following packages cannot be authenticated!
  libmagic1 file libpcre3 libglib2.0-0 libxml2 bsdmainutils gettext-base
  groff-base libexpat1 liburi-perl libhtml-tagset-perl libhtml-parser-perl
  libhtml-tree-perl libwww-perl libxau6 libxdmcp6 libxcb1 libx11-data libx11-6
  libxml-parser-perl man-db m4 autoconf autotools-dev automake html2text
  libcroco3 gettext intltool-debian po-debconf debhelper fdupes intltool cdbs
  diffstat libgfortran3 libmpich1.0gf fftw2 fftw-dev libgpp4-0 libgpp4-dev
  libmmdb0 libmmdb-dev libtool quilt sfftw2 sfftw-dev
Authentication warning overridden.
Get:1 http://ftpmaster.internal lucid/main libmagic1 5.03-5 [392kB]
Get:2 http://ftpmaster.internal lucid/main file 5.03-5 [47.9kB]
Get:3 http://ftpmaster.internal lucid/main libpcre3 7.8-3 [216kB]
Get:4 http://ftpmaster.internal lucid/main libglib2.0-0 2.23.2-2ubuntu2 [1065kB]
Get:5 http://ftpmaster.internal lucid/main libxml2 2.7.6.dfsg-1ubuntu1 [871kB]
Get:6 http://ftpmaster.internal lucid/main bsdmainutils 8.0.1ubuntu1 [199kB]
Get:7 http://ftpmaster.internal lucid/main gettext-base 0.17-8ubuntu2 [78.4kB]
Get:8 http://ftpmaster.internal lucid/main groff-base 1.20.1-6 [1129kB]
Get:9 http://ftpmaster.internal lucid/main libexpat1 2.0.1-7ubuntu1 [138kB]
Get:10 http://ftpmaster.internal lucid/main liburi-perl 1.50-1ubuntu1 [96.8kB]
Get:11 http://ftpmaster.internal lucid/main libhtml-tagset-perl 3.20-2 [13.5kB]
Get:12 http://ftpmaster.internal lucid/main libhtml-parser-perl 3.64-1 [114kB]
Get:13 http://ftpmaster.internal lucid/main libhtml-tree-perl 3.23-1 [209kB]
Get:14 http://ftpmaster.internal lucid/main libwww-perl 5.834-1 [401kB]
Get:15 http://ftpmaster.internal lucid/main libxau6 1:1.0.5-1 [14.5kB]
Get:16 http://ftpmaster.internal lucid/main libxdmcp6 1:1.0.3-1 [19.1kB]
Get:17 http://ftpmaster.internal lucid/main libxcb1 1.5-2 [42.9kB]
Get:18 http://ftpmaster.internal lucid/main libx11-data 2:1.3.2-1ubuntu1 [219kB]
Get:19 http://ftpmaster.internal lucid/main libx11-6 2:1.3.2-1ubuntu1 [844kB]
Get:20 http://ftpmaster.internal lucid/main libxml-parser-perl 2.36-1.1build2 [324kB]
Get:21 http://ftpmaster.internal lucid/main man-db 2.5.6-5 [1385kB]
Get:22 http://ftpmaster.internal lucid/main m4 1.4.13-3 [286kB]
Get:23 http://ftpmaster.internal lucid/main autoconf 2.65-3ubuntu1 [772kB]
Get:24 http://ftpmaster.internal lucid/main autotools-dev 20090611.1 [64.1kB]
Get:25 http://ftpmaster.internal lucid/main automake 1:1.11-1 [559kB]
Get:26 http://ftpmaster.internal lucid/main html2text 1.3.2a-14 [104kB]
Get:27 http://ftpmaster.internal lucid/main libcroco3 0.6.2-1 [101kB]
Get:28 http://ftpmaster.internal lucid/main gettext 0.17-8ubuntu2 [1805kB]
Get:29 http://ftpmaster.internal lucid/main intltool-debian 0.35.0+20060710.1 [31.6kB]
Get:30 http://ftpmaster.internal lucid/main po-debconf 1.0.16 [224kB]
Get:31 http://ftpmaster.internal lucid/main debhelper 7.4.10ubuntu1 [463kB]
Get:32 http://ftpmaster.internal lucid/main fdupes 1.50-PR2-2 [20.1kB]
Get:33 http://ftpmaster.internal lucid/main intltool 0.41.0-0ubuntu1 [52.5kB]
Get:34 http://ftpmaster.internal lucid/main cdbs 0.4.62+nmu1ubuntu4 [1023kB]
Get:35 http://ftpmaster.internal lucid/main diffstat 1.47-1 [24.7kB]
Get:36 http://ftpmaster.internal lucid/main libgfortran3 4.4.3-1ubuntu1 [292kB]
Get:37 http://ftpmaster.internal lucid/universe libmpich1.0gf 1.2.7-9.1ubuntu1 [746kB]
Get:38 http://ftpmaster.internal lucid/universe fftw2 2.1.3-22 [273kB]
Get:39 http://ftpmaster.internal lucid/universe fftw-dev 2.1.3-22 [322kB]
Get:40 http://ftpmaster.internal lucid/universe libgpp4-0 1.2.1-0ubuntu1 [128kB]
Get:41 http://ftpmaster.internal lucid/universe libgpp4-dev 1.2.1-0ubuntu1 [170kB]
Get:42 http://ftpmaster.internal lucid/universe libmmdb0 1.21-0ubuntu1 [432kB]
Get:43 http://ftpmaster.internal lucid/universe libmmdb-dev 1.21-0ubuntu1 [572kB]
Get:44 http://ftpmaster.internal lucid/main libtool 2.2.6b-2ubuntu1 [524kB]
Get:45 http://ftpmaster.internal lucid/main quilt 0.48-4ubuntu1 [318kB]
Get:46 http://ftpmaster.internal lucid/universe sfftw2 2.1.3-22 [267kB]
Get:47 http://ftpmaster.internal lucid/universe sfftw-dev 2.1.3-22 [316kB]
debconf: delaying package configuration, since apt-utils is not installed
Fetched 17.7MB in 0s (23.0MB/s)
Selecting previously deselected package libmagic1.
(Reading database ... 12782 files and directories currently installed.)
Unpacking libmagic1 (from .../libmagic1_5.03-5_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package file.
Unpacking file (from .../archives/file_5.03-5_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libpcre3.
Unpacking libpcre3 (from .../libpcre3_7.8-3_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libglib2.0-0.
Unpacking libglib2.0-0 (from .../libglib2.0-0_2.23.2-2ubuntu2_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libxml2.
Unpacking libxml2 (from .../libxml2_2.7.6.dfsg-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package bsdmainutils.
Unpacking bsdmainutils (from .../bsdmainutils_8.0.1ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package gettext-base.
Unpacking gettext-base (from .../gettext-base_0.17-8ubuntu2_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package groff-base.
Unpacking groff-base (from .../groff-base_1.20.1-6_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libexpat1.
Unpacking libexpat1 (from .../libexpat1_2.0.1-7ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package liburi-perl.
Unpacking liburi-perl (from .../liburi-perl_1.50-1ubuntu1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package libhtml-tagset-perl.
Unpacking libhtml-tagset-perl (from .../libhtml-tagset-perl_3.20-2_all.deb) ...
Selecting previously deselected package libhtml-parser-perl.
Unpacking libhtml-parser-perl (from .../libhtml-parser-perl_3.64-1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libhtml-tree-perl.
Unpacking libhtml-tree-perl (from .../libhtml-tree-perl_3.23-1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package libwww-perl.
Unpacking libwww-perl (from .../libwww-perl_5.834-1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package libxau6.
Unpacking libxau6 (from .../libxau6_1%3a1.0.5-1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libxdmcp6.
Unpacking libxdmcp6 (from .../libxdmcp6_1%3a1.0.3-1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libxcb1.
Unpacking libxcb1 (from .../libxcb1_1.5-2_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libx11-data.
Unpacking libx11-data (from .../libx11-data_2%3a1.3.2-1ubuntu1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package libx11-6.
Unpacking libx11-6 (from .../libx11-6_2%3a1.3.2-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libxml-parser-perl.
Unpacking libxml-parser-perl (from .../libxml-parser-perl_2.36-1.1build2_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package man-db.
Unpacking man-db (from .../man-db_2.5.6-5_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package m4.
Unpacking m4 (from .../archives/m4_1.4.13-3_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package autoconf.
Unpacking autoconf (from .../autoconf_2.65-3ubuntu1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package autotools-dev.
Unpacking autotools-dev (from .../autotools-dev_20090611.1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package automake.
Unpacking automake (from .../automake_1%3a1.11-1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package html2text.
Unpacking html2text (from .../html2text_1.3.2a-14_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libcroco3.
Unpacking libcroco3 (from .../libcroco3_0.6.2-1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package gettext.
Unpacking gettext (from .../gettext_0.17-8ubuntu2_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package intltool-debian.
Unpacking intltool-debian (from .../intltool-debian_0.35.0+20060710.1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package po-debconf.
Unpacking po-debconf (from .../po-debconf_1.0.16_all.deb) ...
Selecting previously deselected package debhelper.
Unpacking debhelper (from .../debhelper_7.4.10ubuntu1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package fdupes.
Unpacking fdupes (from .../fdupes_1.50-PR2-2_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package intltool.
Unpacking intltool (from .../intltool_0.41.0-0ubuntu1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package cdbs.
Unpacking cdbs (from .../cdbs_0.4.62+nmu1ubuntu4_all.deb) ...
Selecting previously deselected package diffstat.
Unpacking diffstat (from .../diffstat_1.47-1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libgfortran3.
Unpacking libgfortran3 (from .../libgfortran3_4.4.3-1ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libmpich1.0gf.
Unpacking libmpich1.0gf (from .../libmpich1.0gf_1.2.7-9.1ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package fftw2.
Unpacking fftw2 (from .../fftw2_2.1.3-22_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package fftw-dev.
Unpacking fftw-dev (from .../fftw-dev_2.1.3-22_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libgpp4-0.
Unpacking libgpp4-0 (from .../libgpp4-0_1.2.1-0ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libgpp4-dev.
Unpacking libgpp4-dev (from .../libgpp4-dev_1.2.1-0ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libmmdb0.
Unpacking libmmdb0 (from .../libmmdb0_1.21-0ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libmmdb-dev.
Unpacking libmmdb-dev (from .../libmmdb-dev_1.21-0ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package libtool.
Unpacking libtool (from .../libtool_2.2.6b-2ubuntu1_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package quilt.
Unpacking quilt (from .../quilt_0.48-4ubuntu1_all.deb) ...
Selecting previously deselected package sfftw2.
Unpacking sfftw2 (from .../sfftw2_2.1.3-22_amd64.deb) ...
Selecting previously deselected package sfftw-dev.
Unpacking sfftw-dev (from .../sfftw-dev_2.1.3-22_amd64.deb) ...
Setting up libmagic1 (5.03-5) ...

Setting up file (5.03-5) ...
Setting up libpcre3 (7.8-3) ...

Setting up libglib2.0-0 (2.23.2-2ubuntu2) ...

Setting up libxml2 (2.7.6.dfsg-1ubuntu1) ...

Setting up bsdmainutils (8.0.1ubuntu1) ...
update-alternatives: using /usr/bin/bsd-write to provide /usr/bin/write (write) in auto mode.

Setting up gettext-base (0.17-8ubuntu2) ...

Setting up groff-base (1.20.1-6) ...

Setting up libexpat1 (2.0.1-7ubuntu1) ...

Setting up liburi-perl (1.50-1ubuntu1) ...
Setting up libhtml-tagset-perl (3.20-2) ...
Setting up libhtml-parser-perl (3.64-1) ...
Setting up libhtml-tree-perl (3.23-1) ...
Setting up libwww-perl (5.834-1) ...
Setting up libxau6 (1:1.0.5-1) ...

Setting up libxdmcp6 (1:1.0.3-1) ...

Setting up libxcb1 (1.5-2) ...

Setting up libx11-data (2:1.3.2-1ubuntu1) ...
Setting up libx11-6 (2:1.3.2-1ubuntu1) ...

Setting up libxml-parser-perl (2.36-1.1build2) ...
Setting up man-db (2.5.6-5) ...
Building database of manual pages ...

Setting up m4 (1.4.13-3) ...
Setting up autoconf (2.65-3ubuntu1) ...
Setting up autotools-dev (20090611.1) ...
Setting up automake (1:1.11-1) ...
update-alternatives: using /usr/bin/automake-1.11 to provide /usr/bin/automake (automake) in auto mode.

Setting up html2text (1.3.2a-14) ...

Setting up libcroco3 (0.6.2-1) ...

Setting up gettext (0.17-8ubuntu2) ...

Setting up intltool-debian (0.35.0+20060710.1) ...
Setting up po-debconf (1.0.16) ...
Setting up debhelper (7.4.10ubuntu1) ...
Setting up fdupes (1.50-PR2-2) ...
Setting up intltool (0.41.0-0ubuntu1) ...
Setting up cdbs (0.4.62+nmu1ubuntu4) ...
Setting up diffstat (1.47-1) ...
Setting up libgfortran3 (4.4.3-1ubuntu1) ...

Setting up libmpich1.0gf (1.2.7-9.1ubuntu1) ...

Setting up fftw2 (2.1.3-22) ...

Setting up fftw-dev (2.1.3-22) ...
Setting up libgpp4-0 (1.2.1-0ubuntu1) ...

Setting up libgpp4-dev (1.2.1-0ubuntu1) ...
Setting up libmmdb0 (1.21-0ubuntu1) ...

Setting up libmmdb-dev (1.21-0ubuntu1) ...
Setting up libtool (2.2.6b-2ubuntu1) ...
Setting up quilt (0.48-4ubuntu1) ...
Setting up sfftw2 (2.1.3-22) ...

Setting up sfftw-dev (2.1.3-22) ...
Processing triggers for libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
Checking correctness of source dependencies...
Toolchain package versions: libc6-dev_2.11.1-0ubuntu1 make_3.81-7 dpkg-dev_1.15.4.1ubuntu1 g++-4.4_4.4.3-1ubuntu1 gcc-4.4_4.4.3-1ubuntu1 binutils_2.20-5ubuntu1 libstdc++6_4.4.3-1ubuntu1 libstdc++6-4.4-dev_4.4.3-1ubuntu1
------------------------------------------------------------------------------
gpgv: Signature made Tue Jan 26 16:36:39 2010 UTC using DSA key ID 404825E7
gpgv: Can't check signature: public key not found
dpkg-source: warning: failed to verify signature on ./clipper_2.1+20091215-0ubuntu1.dsc
dpkg-source: info: extracting clipper in clipper-2.1+20091215
dpkg-source: info: unpacking clipper_2.1+20091215.orig.tar.gz
dpkg-source: info: applying clipper_2.1+20091215-0ubuntu1.diff.gz
dpkg-buildpackage: set CFLAGS to default value: -g -O2
dpkg-buildpackage: set CPPFLAGS to default value: 
dpkg-buildpackage: set LDFLAGS to default value: -Wl,-Bsymbolic-functions
dpkg-buildpackage: set FFLAGS to default value: -g -O2
dpkg-buildpackage: set CXXFLAGS to default value: -g -O2
dpkg-buildpackage: source package clipper
dpkg-buildpackage: source version 2.1+20091215-0ubuntu1
dpkg-buildpackage: host architecture amd64
 /usr/bin/fakeroot debian/rules clean
QUILT_PATCHES=debian/patches quilt --quiltrc /dev/null pop -a -R || test $? = 2 
No patch removed
rm -rf .pc debian/stamp-patched
dh_testdir
dh_testroot
rm -f pre-configure-stamp configure-stamp 
rm -f build-arch-stamp build-indep-stamp
rm -f Doxyfile	
rm -rf doc/
# clean up after the build process.
[ ! -f Makefile ] || /usr/bin/make distclean
rm -f config.sub config.guess
# Re-establish original files
if test -f ow.tgz; then tar -xzf ow.tgz; rm -f ow.tgz; fi
rm -f config/lt~obsolete.m4 config/ltoptions.m4 config/ltversion.m4 config/ltsugar.m4 config/libtool.m4
rm -f Doxygen doxy.core.tag
dh_clean
 debian/rules build
make: Nothing to be done for `build'.
 /usr/bin/fakeroot debian/rules binary-arch
dh_testdir
# Save some upstream files that get overwritten 
# when we run autoreconf... this is mainly useful
# when building the source package, where those files
# otherwise end up in .diff.gz.
tar -czf ow.tgz configure aclocal.m4 Makefile.in examples/Makefile.in config/config.guess config/ltmain.sh config/Makefile.in dox/Makefile.in clipper/Makefile.in clipper/minimol/Makefile.in clipper/cif/Makefile.in clipper/mmdb/Makefile.in clipper/cns/Makefile.in clipper/phs/Makefile.in clipper/contrib/Makefile.in clipper/ccp4/Makefile.in clipper/core/Makefile.in
# Here we configure the package.
cp -f /usr/share/misc/config.sub config/config.sub
cp -f /usr/share/misc/config.guess config/config.guess
QUILT_PATCHES=debian/patches quilt --quiltrc /dev/null push -a || test $? = 2
Applying patch ccp4_makefile.am.patch
patching file clipper/ccp4/Makefile.am

Now at patch ccp4_makefile.am.patch
touch debian/stamp-patched
autoreconf --force --install
libtoolize: putting auxiliary files in AC_CONFIG_AUX_DIR, `config'.
libtoolize: copying file `config/config.guess'
libtoolize: copying file `config/config.sub'
libtoolize: copying file `config/install-sh'
libtoolize: copying file `config/ltmain.sh'
libtoolize: putting macros in `config'.
libtoolize: copying file `config/libtool.m4'
libtoolize: You should add the contents of `config/libtool.m4' to `aclocal.m4'.
libtoolize: copying file `config/ltoptions.m4'
libtoolize: You should add the contents of `config/ltoptions.m4' to `aclocal.m4'.
libtoolize: copying file `config/ltsugar.m4'
libtoolize: You should add the contents of `config/ltsugar.m4' to `aclocal.m4'.
libtoolize: copying file `config/ltversion.m4'
libtoolize: copying file `config/lt~obsolete.m4'
libtoolize: You should add the contents of `config/lt~obsolete.m4' to `aclocal.m4'.
libtoolize: Consider adding `AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])' to configure.ac and
libtoolize: rerunning libtoolize, to keep the correct libtool macros in-tree.
touch pre-configure-stamp
./configure --build x86_64-linux-gnu \
	--prefix=/usr \
	--with-fftw=/usr \
	--enable-mmdb \
	--with-mmdb=/usr \
	--enable-gpp4 \
	--with-gpp4=/usr \
	--enable-cif \
	--enable-minimol \
	--enable-cns \
	CFLAGS="-g -O2" \
	CXXFLAGS="-g -O2"
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking build system type... x86_64-pc-linux-gnu
checking host system type... x86_64-pc-linux-gnu
checking for style of include used by make... GNU
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking dependency style of gcc... gcc3
checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for fgrep... /bin/grep -F
checking for ld used by gcc... /usr/bin/ld
checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes
checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B
checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm
checking whether ln -s works... yes
checking the maximum length of command line arguments... 3458764513820540925
checking whether the shell understands some XSI constructs... yes
checking whether the shell understands "+="... yes
checking for /usr/bin/ld option to reload object files... -r
checking for objdump... objdump
checking how to recognize dependent libraries... pass_all
checking for ar... ar
checking for strip... strip
checking for ranlib... ranlib
checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc object... ok
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking for dlfcn.h... yes
checking for objdir... .libs
checking if gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no
checking for gcc option to produce PIC... -fPIC -DPIC
checking if gcc PIC flag -fPIC -DPIC works... yes
checking if gcc static flag -static works... yes
checking if gcc supports -c -o file.o... yes
checking if gcc supports -c -o file.o... (cached) yes
checking whether the gcc linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes
checking whether -lc should be explicitly linked in... no
checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
checking whether stripping libraries is possible... yes
checking if libtool supports shared libraries... yes
checking whether to build shared libraries... yes
checking whether to build static libraries... yes
checking for xlc++... no
checking for CC... no
checking for cxx... no
checking for c++... c++
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether c++ accepts -g... yes
checking dependency style of c++... gcc3
checking whether we are using the GNU C++ compiler... (cached) yes
checking whether c++ accepts -g... (cached) yes
checking dependency style of c++... (cached) gcc3
checking how to run the C++ preprocessor... c++ -E
checking for ld used by c++... /usr/bin/ld -m elf_x86_64
checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes
checking whether the c++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes
checking for c++ option to produce PIC... -fPIC -DPIC
checking if c++ PIC flag -fPIC -DPIC works... yes
checking if c++ static flag -static works... yes
checking if c++ supports -c -o file.o... yes
checking if c++ supports -c -o file.o... (cached) yes
checking whether the c++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes
checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether gcc accepts -g... (cached) yes
checking for gcc option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking dependency style of gcc... (cached) gcc3
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking for sqrt in -lm... yes
checking for fftw_print_max_memory_usage in fftw... no
checking for fftw_print_max_memory_usage in sfftw... yes
checking for CMMDBManager in MMDB... yes
checking for ccp4_errno in GPP4... yes
checking for floor... yes
checking for pow... yes
checking for rint... yes
checking for working alloca.h... yes
checking for alloca... yes
checking for dirent.h that defines DIR... yes
checking for library containing opendir... none required
checking for ANSI C header files... (cached) yes
checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible... yes
checking OS.h usability... no
checking OS.h presence... no
checking for OS.h... no
checking arpa/inet.h usability... yes
checking arpa/inet.h presence... yes
checking for arpa/inet.h... yes
checking fcntl.h usability... yes
checking fcntl.h presence... yes
checking for fcntl.h... yes
checking float.h usability... yes
checking float.h presence... yes
checking for float.h... yes
checking libintl.h usability... yes
checking libintl.h presence... yes
checking for libintl.h... yes
checking limits.h usability... yes
checking limits.h presence... yes
checking for limits.h... yes
checking locale.h usability... yes
checking locale.h presence... yes
checking for locale.h... yes
checking malloc.h usability... yes
checking malloc.h presence... yes
checking for malloc.h... yes
checking for memory.h... (cached) yes
checking netdb.h usability... yes
checking netdb.h presence... yes
checking for netdb.h... yes
checking netinet/in.h usability... yes
checking netinet/in.h presence... yes
checking for netinet/in.h... yes
checking stddef.h usability... yes
checking stddef.h presence... yes
checking for stddef.h... yes
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for string.h... (cached) yes
checking sys/file.h usability... yes
checking sys/file.h presence... yes
checking for sys/file.h... yes
checking sys/socket.h usability... yes
checking sys/socket.h presence... yes
checking for sys/socket.h... yes
checking sys/time.h usability... yes
checking sys/time.h presence... yes
checking for sys/time.h... yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking wchar.h usability... yes
checking wchar.h presence... yes
checking for wchar.h... yes
checking wctype.h usability... yes
checking wctype.h presence... yes
checking for wctype.h... yes
checking for stdbool.h that conforms to C99... yes
checking for _Bool... no
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for inline... inline
checking for mode_t... yes
checking for off_t... yes
checking for C/C++ restrict keyword... __restrict
checking for size_t... yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h
checking for error_at_line... yes
checking for pid_t... yes
checking vfork.h usability... no
checking vfork.h presence... no
checking for vfork.h... no
checking for fork... yes
checking for vfork... yes
checking for working fork... yes
checking for working vfork... (cached) yes
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for GNU libc compatible malloc... yes
checking whether mbrtowc and mbstate_t are properly declared... yes
checking for working memcmp... yes
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking for sys/param.h... yes
checking for getpagesize... yes
checking for working mmap... yes
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for GNU libc compatible realloc... yes
checking sys/select.h usability... yes
checking sys/select.h presence... yes
checking for sys/select.h... yes
checking for sys/socket.h... (cached) yes
checking types of arguments for select... int,fd_set *,struct timeval *
checking whether lstat correctly handles trailing slash... yes
checking whether stat accepts an empty string... no
checking for working strtod... yes
checking for vprintf... yes
checking for _doprnt... no
checking for bzero... yes
checking for floor... (cached) yes
checking for gethostbyname... yes
checking for gettimeofday... yes
checking for localtime_r... yes
checking for mbrlen... yes
checking for memmove... yes
checking for memset... yes
checking for mkdir... yes
checking for modf... yes
checking for munmap... yes
checking for pow... (cached) yes
checking for putenv... yes
checking for re_comp... yes
checking for regcomp... yes
checking for rint... (cached) yes
checking for select... yes
checking for setenv... yes
checking for socket... yes
checking for sqrt... yes
checking for strcasecmp... yes
checking for strchr... yes
checking for strdup... yes
checking for strerror... yes
checking for strncasecmp... yes
checking for strpbrk... yes
checking for strrchr... yes
checking for strstr... yes
checking utime.h usability... yes
checking utime.h presence... yes
checking for utime.h... yes
checking for struct utimbuf... yes
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating clipper-config
config.status: creating clipper/Makefile
config.status: creating clipper/ccp4/Makefile
config.status: creating clipper/contrib/Makefile
config.status: creating clipper/core/Makefile
config.status: creating clipper/mmdb/Makefile
config.status: creating clipper/minimol/Makefile
config.status: creating clipper/phs/Makefile
config.status: creating clipper/cif/Makefile
config.status: creating clipper/cns/Makefile
config.status: creating examples/Makefile
config.status: creating config/Makefile
config.status: creating dox/Makefile
config.status: executing depfiles commands
config.status: executing libtool commands
       
        Configuration Summary
 ------------------------------
core:          yes
contrib:       yes
phs:           yes
mmdb:          yes
minimol:       yes
cif:           yes
ccp4:          no
cns:           yes
gpp4:          yes
 
touch configure-stamp
/usr/bin/make
make[1]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
Making all in config
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/config'
make[2]: Nothing to be done for `all'.
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/config'
Making all in clipper
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
Making all in core
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include    -g -O2 -MT atomsf.lo -MD -MP -MF .deps/atomsf.Tpo -c -o atomsf.lo atomsf.cpp
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libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT xmap.lo -MD -MP -MF .deps/xmap.Tpo -c xmap.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/xmap.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT xmap.lo -MD -MP -MF .deps/xmap.Tpo -c xmap.cpp -o xmap.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/xmap.Tpo .deps/xmap.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-core.la -rpath /usr/lib atomsf.lo cell.lo clipper_instance.lo clipper_memory.lo clipper_message.lo clipper_stats.lo clipper_test.lo clipper_thread.lo clipper_types.lo clipper_util.lo container.lo container_hkl.lo container_map.lo container_types.lo coords.lo derivs.lo fftmap.lo fftmap_sparse.lo hkl_compute.lo hkl_data.lo hkl_datatypes.lo hkl_info.lo hkl_lookup.lo hkl_operators.lo map_interp.lo map_utils.lo nxmap.lo nxmap_operator.lo ramachandran.lo resol_basisfn.lo resol_fn.lo resol_targetfn.lo rotation.lo spacegroup.lo spacegroup_data.lo symop.lo test_core.lo test_data.lo xmap.lo -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -lpthread -lm 
libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/atomsf.o .libs/cell.o .libs/clipper_instance.o .libs/clipper_memory.o .libs/clipper_message.o .libs/clipper_stats.o .libs/clipper_test.o .libs/clipper_thread.o .libs/clipper_types.o .libs/clipper_util.o .libs/container.o .libs/container_hkl.o .libs/container_map.o .libs/container_types.o .libs/coords.o .libs/derivs.o .libs/fftmap.o .libs/fftmap_sparse.o .libs/hkl_compute.o .libs/hkl_data.o .libs/hkl_datatypes.o .libs/hkl_info.o .libs/hkl_lookup.o .libs/hkl_operators.o .libs/map_interp.o .libs/map_utils.o .libs/nxmap.o .libs/nxmap_operator.o .libs/ramachandran.o .libs/resol_basisfn.o .libs/resol_fn.o .libs/resol_targetfn.o .libs/rotation.o .libs/spacegroup.o .libs/spacegroup_data.o .libs/symop.o .libs/test_core.o .libs/test_data.o .libs/xmap.o   -L/usr/lib /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/libsfftw.so -lpthread -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-core.so.2 -o .libs/libclipper-core.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-core.so.2" && ln -s "libclipper-core.so.2.0.5" "libclipper-core.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-core.so" && ln -s "libclipper-core.so.2.0.5" "libclipper-core.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-core.a  atomsf.o cell.o clipper_instance.o clipper_memory.o clipper_message.o clipper_stats.o clipper_test.o clipper_thread.o clipper_types.o clipper_util.o container.o container_hkl.o container_map.o container_types.o coords.o derivs.o fftmap.o fftmap_sparse.o hkl_compute.o hkl_data.o hkl_datatypes.o hkl_info.o hkl_lookup.o hkl_operators.o map_interp.o map_utils.o nxmap.o nxmap_operator.o ramachandran.o resol_basisfn.o resol_fn.o resol_targetfn.o rotation.o spacegroup.o spacegroup_data.o symop.o test_core.o test_data.o xmap.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-core.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-core.la" && ln -s "../libclipper-core.la" "libclipper-core.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core'
Making all in mmdb
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include    -g -O2 -MT clipper_mmdb.lo -MD -MP -MF .deps/clipper_mmdb.Tpo -c -o clipper_mmdb.lo clipper_mmdb.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT clipper_mmdb.lo -MD -MP -MF .deps/clipper_mmdb.Tpo -c clipper_mmdb.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/clipper_mmdb.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT clipper_mmdb.lo -MD -MP -MF .deps/clipper_mmdb.Tpo -c clipper_mmdb.cpp -o clipper_mmdb.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/clipper_mmdb.Tpo .deps/clipper_mmdb.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-mmdb.la -rpath /usr/lib clipper_mmdb.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/usr/lib -lmmdb -lm 
libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/clipper_mmdb.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core/.libs ../../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -L/usr/lib -lmmdb -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-mmdb.so.2 -o .libs/libclipper-mmdb.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-mmdb.so.2" && ln -s "libclipper-mmdb.so.2.0.5" "libclipper-mmdb.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-mmdb.so" && ln -s "libclipper-mmdb.so.2.0.5" "libclipper-mmdb.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-mmdb.a  clipper_mmdb.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-mmdb.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-mmdb.la" && ln -s "../libclipper-mmdb.la" "libclipper-mmdb.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb'
Making all in minimol
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include    -g -O2 -MT container_minimol.lo -MD -MP -MF .deps/container_minimol.Tpo -c -o container_minimol.lo container_minimol.cpp
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libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT container_minimol.lo -MD -MP -MF .deps/container_minimol.Tpo -c container_minimol.cpp -o container_minimol.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/container_minimol.Tpo .deps/container_minimol.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include    -g -O2 -MT minimol.lo -MD -MP -MF .deps/minimol.Tpo -c -o minimol.lo minimol.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT minimol.lo -MD -MP -MF .deps/minimol.Tpo -c minimol.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/minimol.o
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mv -f .deps/minimol_utils.Tpo .deps/minimol_utils.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-minimol.la -rpath /usr/lib container_minimol.lo minimol.lo minimol_data.lo minimol_io.lo minimol_seq.lo minimol_utils.lo ../../clipper/mmdb/libclipper-mmdb.la ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm 
libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/container_minimol.o .libs/minimol.o .libs/minimol_data.o .libs/minimol_io.o .libs/minimol_seq.o .libs/minimol_utils.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb/.libs -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core/.libs ../../clipper/mmdb/.libs/libclipper-mmdb.so ../../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-minimol.so.2 -o .libs/libclipper-minimol.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-minimol.so.2" && ln -s "libclipper-minimol.so.2.0.5" "libclipper-minimol.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-minimol.so" && ln -s "libclipper-minimol.so.2.0.5" "libclipper-minimol.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-minimol.a  container_minimol.o minimol.o minimol_data.o minimol_io.o minimol_seq.o minimol_utils.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-minimol.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-minimol.la" && ln -s "../libclipper-minimol.la" "libclipper-minimol.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol'
Making all in ccp4
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I.  -I/usr/include -I/usr/include/gpp4   -g -O2 -MT ccp4_map_io.lo -MD -MP -MF .deps/ccp4_map_io.Tpo -c -o ccp4_map_io.lo ccp4_map_io.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include/gpp4 -g -O2 -MT ccp4_map_io.lo -MD -MP -MF .deps/ccp4_map_io.Tpo -c ccp4_map_io.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/ccp4_map_io.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include/gpp4 -g -O2 -MT ccp4_map_io.lo -MD -MP -MF .deps/ccp4_map_io.Tpo -c ccp4_map_io.cpp -o ccp4_map_io.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/ccp4_map_io.Tpo .deps/ccp4_map_io.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I.  -I/usr/include -I/usr/include/gpp4   -g -O2 -MT ccp4_mtz_io.lo -MD -MP -MF .deps/ccp4_mtz_io.Tpo -c -o ccp4_mtz_io.lo ccp4_mtz_io.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include/gpp4 -g -O2 -MT ccp4_mtz_io.lo -MD -MP -MF .deps/ccp4_mtz_io.Tpo -c ccp4_mtz_io.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/ccp4_mtz_io.o
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mv -f .deps/ccp4_utils.Tpo .deps/ccp4_utils.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-ccp4.la -rpath /usr/lib ccp4_map_io.lo ccp4_mtz_io.lo ccp4_mtz_types.lo ccp4_utils.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/usr/lib -lgpp4 -lm 
libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/ccp4_map_io.o .libs/ccp4_mtz_io.o .libs/ccp4_mtz_types.o .libs/ccp4_utils.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core/.libs ../../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-ccp4.so.2 -o .libs/libclipper-ccp4.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-ccp4.so.2" && ln -s "libclipper-ccp4.so.2.0.5" "libclipper-ccp4.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-ccp4.so" && ln -s "libclipper-ccp4.so.2.0.5" "libclipper-ccp4.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-ccp4.a  ccp4_map_io.o ccp4_mtz_io.o ccp4_mtz_types.o ccp4_utils.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-ccp4.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-ccp4.la" && ln -s "../libclipper-ccp4.la" "libclipper-ccp4.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4'
Making all in cif
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include    -g -O2 -MT cif_data_io.lo -MD -MP -MF .deps/cif_data_io.Tpo -c -o cif_data_io.lo cif_data_io.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT cif_data_io.lo -MD -MP -MF .deps/cif_data_io.Tpo -c cif_data_io.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/cif_data_io.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT cif_data_io.lo -MD -MP -MF .deps/cif_data_io.Tpo -c cif_data_io.cpp -o cif_data_io.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/cif_data_io.Tpo .deps/cif_data_io.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-cif.la -rpath /usr/lib cif_data_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/usr/lib -lmmdb -lm 
libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/cif_data_io.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core/.libs ../../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -L/usr/lib -lmmdb -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-cif.so.2 -o .libs/libclipper-cif.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-cif.so.2" && ln -s "libclipper-cif.so.2.0.5" "libclipper-cif.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-cif.so" && ln -s "libclipper-cif.so.2.0.5" "libclipper-cif.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-cif.a  cif_data_io.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-cif.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-cif.la" && ln -s "../libclipper-cif.la" "libclipper-cif.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif'
Making all in phs
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include    -g -O2 -MT phs_io.lo -MD -MP -MF .deps/phs_io.Tpo -c -o phs_io.lo phs_io.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT phs_io.lo -MD -MP -MF .deps/phs_io.Tpo -c phs_io.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/phs_io.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT phs_io.lo -MD -MP -MF .deps/phs_io.Tpo -c phs_io.cpp -o phs_io.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/phs_io.Tpo .deps/phs_io.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-phs.la -rpath /usr/lib phs_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm 
libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/phs_io.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core/.libs ../../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-phs.so.2 -o .libs/libclipper-phs.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-phs.so.2" && ln -s "libclipper-phs.so.2.0.5" "libclipper-phs.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-phs.so" && ln -s "libclipper-phs.so.2.0.5" "libclipper-phs.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-phs.a  phs_io.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-phs.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-phs.la" && ln -s "../libclipper-phs.la" "libclipper-phs.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs'
Making all in cns
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns'
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include    -g -O2 -MT cns_hkl_io.lo -MD -MP -MF .deps/cns_hkl_io.Tpo -c -o cns_hkl_io.lo cns_hkl_io.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT cns_hkl_io.lo -MD -MP -MF .deps/cns_hkl_io.Tpo -c cns_hkl_io.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/cns_hkl_io.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT cns_hkl_io.lo -MD -MP -MF .deps/cns_hkl_io.Tpo -c cns_hkl_io.cpp -o cns_hkl_io.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/cns_hkl_io.Tpo .deps/cns_hkl_io.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=compile c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include    -g -O2 -MT cns_map_io.lo -MD -MP -MF .deps/cns_map_io.Tpo -c -o cns_map_io.lo cns_map_io.cpp
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT cns_map_io.lo -MD -MP -MF .deps/cns_map_io.Tpo -c cns_map_io.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/cns_map_io.o
cns_map_io.cpp: In member function 'void clipper::CNSMAPfile::import_xmap(clipper::Xmap<T>&) [with T = unsigned char]':
cns_map_io.cpp:594:   instantiated from here
cns_map_io.cpp:202: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:205: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:209: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:212: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:223: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:235: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:243: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:252: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp: In member function 'void clipper::CNSMAPfile::import_xmap(clipper::Xmap<T>&) [with T = char]':
cns_map_io.cpp:595:   instantiated from here
cns_map_io.cpp:202: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:205: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:209: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:212: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:223: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:235: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:243: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:252: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp: In member function 'void clipper::CNSMAPfile::import_xmap(clipper::Xmap<T>&) [with T = short unsigned int]':
cns_map_io.cpp:596:   instantiated from here
cns_map_io.cpp:202: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
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cns_map_io.cpp:617:   instantiated from here
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cns_map_io.cpp: In member function 'void clipper::CNSMAPfile::import_nxmap(clipper::NXmap<T>&) [with T = float]':
cns_map_io.cpp:618:   instantiated from here
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cns_map_io.cpp:619:   instantiated from here
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cns_map_io.cpp: In member function 'clipper::CNSMAPfile::ASUerror clipper::CNSMAPfile::import_xmap_check_asu(clipper::Xmap<T>&, T) [with T = float]':
cns_map_io.cpp:630:   instantiated from here
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cns_map_io.cpp: In member function 'clipper::CNSMAPfile::ASUerror clipper::CNSMAPfile::import_xmap_check_asu(clipper::Xmap<T>&, T) [with T = double]':
cns_map_io.cpp:631:   instantiated from here
cns_map_io.cpp:497: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
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cns_map_io.cpp:507: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:518: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:536: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
cns_map_io.cpp:544: warning: ignoring return value of 'char* fgets(char*, int, FILE*)', declared with attribute warn_unused_result
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libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -g -O2 -MT cns_map_io.lo -MD -MP -MF .deps/cns_map_io.Tpo -c cns_map_io.cpp -o cns_map_io.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/cns_map_io.Tpo .deps/cns_map_io.Plo
/bin/bash ../../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-cns.la -rpath /usr/lib cns_hkl_io.lo cns_map_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm 
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libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-cns.so.2" && ln -s "libclipper-cns.so.2.0.5" "libclipper-cns.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-cns.so" && ln -s "libclipper-cns.so.2.0.5" "libclipper-cns.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-cns.a  cns_hkl_io.o cns_map_io.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-cns.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-cns.la" && ln -s "../libclipper-cns.la" "libclipper-cns.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns'
Making all in contrib
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib'
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libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT edcalc.lo -MD -MP -MF .deps/edcalc.Tpo -c edcalc.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/edcalc.o
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libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT test_contrib.lo -MD -MP -MF .deps/test_contrib.Tpo -c test_contrib.cpp  -fPIC -DPIC -o .libs/test_contrib.o
libtool: compile:  c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" "-DPACKAGE_STRING=\"clipper 2.1\"" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int "-DSELECT_TYPE_ARG234=(fd_set *)" "-DSELECT_TYPE_ARG5=(struct timeval *)" -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I/usr/include -I/usr/include -g -O2 -MT test_contrib.lo -MD -MP -MF .deps/test_contrib.Tpo -c test_contrib.cpp -o test_contrib.o >/dev/null 2>&1
mv -f .deps/test_contrib.Tpo .deps/test_contrib.Plo
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libtool: link: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/convolution_search.o .libs/edcalc.o .libs/fffear.o .libs/function_object_bases.o .libs/mapfilter.o .libs/originmatch.o .libs/sfcalc.o .libs/sfcalc_obs.o .libs/sfscale.o .libs/sfweight.o .libs/skeleton.o .libs/test_contrib.o   -Wl,-rpath -Wl,/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core/.libs ../../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-contrib.so.2 -o .libs/libclipper-contrib.so.2.0.5
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-contrib.so.2" && ln -s "libclipper-contrib.so.2.0.5" "libclipper-contrib.so.2")
libtool: link: (cd ".libs" && rm -f "libclipper-contrib.so" && ln -s "libclipper-contrib.so.2.0.5" "libclipper-contrib.so")
libtool: link: ar cru .libs/libclipper-contrib.a  convolution_search.o edcalc.o fffear.o function_object_bases.o mapfilter.o originmatch.o sfcalc.o sfcalc_obs.o sfscale.o sfweight.o skeleton.o test_contrib.o
libtool: link: ranlib .libs/libclipper-contrib.a
libtool: link: ( cd ".libs" && rm -f "libclipper-contrib.la" && ln -s "../libclipper-contrib.la" "libclipper-contrib.la" )
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib'
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
make[3]: Nothing to be done for `all-am'.
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
Making all in examples
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/examples'
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mv -f .deps/cfft.Tpo .deps/cfft.Po
/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o cfft cfft.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
libtool: link: c++ -g -O2 -Wl,-Bsymbolic-functions -o .libs/cfft cfft.o  ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread -L/usr/lib /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/libsfftw.so -lgpp4 -lmmdb
c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I.. -I/usr/include -I/usr/include  -I/usr/include/gpp4      -g -O2 -MT chltofom.o -MD -MP -MF .deps/chltofom.Tpo -c -o chltofom.o chltofom.cpp
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/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o chltofom chltofom.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
libtool: link: c++ -g -O2 -Wl,-Bsymbolic-functions -o .libs/chltofom chltofom.o  ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread -L/usr/lib /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/libsfftw.so -lgpp4 -lmmdb
c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I.. -I/usr/include -I/usr/include  -I/usr/include/gpp4      -g -O2 -MT cinvfft.o -MD -MP -MF .deps/cinvfft.Tpo -c -o cinvfft.o cinvfft.cpp
mv -f .deps/cinvfft.Tpo .deps/cinvfft.Po
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mv -f .deps/cmaplocal.Tpo .deps/cmaplocal.Po
/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o cmaplocal cmaplocal.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
libtool: link: c++ -g -O2 -Wl,-Bsymbolic-functions -o .libs/cmaplocal cmaplocal.o  ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread -L/usr/lib /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/libsfftw.so -lgpp4 -lmmdb
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mv -f .deps/convert2mtz.Tpo .deps/convert2mtz.Po
/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o convert2mtz convert2mtz.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
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mv -f .deps/cpatterson.Tpo .deps/cpatterson.Po
/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o cpatterson cpatterson.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
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mv -f .deps/cphasecombine.Tpo .deps/cphasecombine.Po
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/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o csymmatch csymmatch.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
libtool: link: c++ -g -O2 -Wl,-Bsymbolic-functions -o .libs/csymmatch csymmatch.o  ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread -L/usr/lib /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/libsfftw.so -lgpp4 -lmmdb
c++ -DPACKAGE_NAME=\"clipper\" -DPACKAGE_TARNAME=\"clipper\" -DPACKAGE_VERSION=\"2.1\" -DPACKAGE_STRING=\"clipper\ 2.1\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"cowtan@ysbl.york.ac.uk\" -DPACKAGE_URL=\"\" -DPACKAGE=\"clipper\" -DVERSION=\"2.1\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1 -DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1 -DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DLT_OBJDIR=\".libs/\" -DHAVE_LIBM=1 -DFFTW_ENABLE_FLOAT=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_ALLOCA_H=1 -DHAVE_ALLOCA=1 -DHAVE_DIRENT_H=1 -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_WAIT_H=1 -DHAVE_ARPA_INET_H=1 -DHAVE_FCNTL_H=1 -DHAVE_FLOAT_H=1 -DHAVE_LIBINTL_H=1 -DHAVE_LIMITS_H=1 -DHAVE_LOCALE_H=1 -DHAVE_MALLOC_H=1 -DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_NETDB_H=1 -DHAVE_NETINET_IN_H=1 -DHAVE_STDDEF_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1 -DHAVE_SYS_FILE_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DHAVE_SYS_TIME_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_WCHAR_H=1 -DHAVE_WCTYPE_H=1 -DHAVE_STDBOOL_H=1 -Drestrict=__restrict -DTIME_WITH_SYS_TIME=1 -DHAVE_FORK=1 -DHAVE_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_VFORK=1 -DHAVE_WORKING_FORK=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_MALLOC=1 -DHAVE_MBRTOWC=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_SYS_PARAM_H=1 -DHAVE_GETPAGESIZE=1 -DHAVE_MMAP=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_REALLOC=1 -DHAVE_SYS_SELECT_H=1 -DHAVE_SYS_SOCKET_H=1 -DSELECT_TYPE_ARG1=int -DSELECT_TYPE_ARG234=\(fd_set\ \*\) -DSELECT_TYPE_ARG5=\(struct\ timeval\ \*\) -DLSTAT_FOLLOWS_SLASHED_SYMLINK=1 -DHAVE_VPRINTF=1 -DHAVE_BZERO=1 -DHAVE_FLOOR=1 -DHAVE_GETHOSTBYNAME=1 -DHAVE_GETTIMEOFDAY=1 -DHAVE_LOCALTIME_R=1 -DHAVE_MBRLEN=1 -DHAVE_MEMMOVE=1 -DHAVE_MEMSET=1 -DHAVE_MKDIR=1 -DHAVE_MODF=1 -DHAVE_MUNMAP=1 -DHAVE_POW=1 -DHAVE_PUTENV=1 -DHAVE_RE_COMP=1 -DHAVE_REGCOMP=1 -DHAVE_RINT=1 -DHAVE_SELECT=1 -DHAVE_SETENV=1 -DHAVE_SOCKET=1 -DHAVE_SQRT=1 -DHAVE_STRCASECMP=1 -DHAVE_STRCHR=1 -DHAVE_STRDUP=1 -DHAVE_STRERROR=1 -DHAVE_STRNCASECMP=1 -DHAVE_STRPBRK=1 -DHAVE_STRRCHR=1 -DHAVE_STRSTR=1 -DHAVE_UTIME_H=1 -DHAVE_STRUCT_UTIMBUF=1 -I. -I.. -I/usr/include -I/usr/include  -I/usr/include/gpp4      -g -O2 -MT maketestdata.o -MD -MP -MF .deps/maketestdata.Tpo -c -o maketestdata.o maketestdata.cpp
mv -f .deps/maketestdata.Tpo .deps/maketestdata.Po
/bin/bash ../libtool --tag=CXX   --mode=link c++  -g -O2  -Wl,-Bsymbolic-functions -o maketestdata maketestdata.o ../clipper/contrib/libclipper-contrib.la ../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la ../clipper/phs/libclipper-phs.la ../clipper/cns/libclipper-cns.la ../clipper/cif/libclipper-cif.la ../clipper/minimol/libclipper-minimol.la ../clipper/core/libclipper-core.la -lpthread -L/usr/lib -lsrfftw -lsfftw -L/usr/lib -lgpp4 -L/usr/lib -lmmdb 
libtool: link: c++ -g -O2 -Wl,-Bsymbolic-functions -o .libs/maketestdata maketestdata.o  ../clipper/contrib/.libs/libclipper-contrib.so ../clipper/ccp4/.libs/libclipper-ccp4.so ../clipper/phs/.libs/libclipper-phs.so ../clipper/cns/.libs/libclipper-cns.so ../clipper/cif/.libs/libclipper-cif.so ../clipper/minimol/.libs/libclipper-minimol.so ../clipper/core/.libs/libclipper-core.so -lpthread -L/usr/lib /usr/lib/libsrfftw.so /usr/lib/libsfftw.so -lgpp4 -lmmdb
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/examples'
Making all in dox
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/dox'
make[2]: Nothing to be done for `all'.
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/dox'
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
make[2]: Nothing to be done for `all-am'.
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
make[1]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
touch build-arch-stamp
dh_testdir
dh_testroot
dh_prep -s
dh_installdirs -s
# install the arch part of the package into debian/tmp.
/usr/bin/make DESTDIR=/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp install
make[1]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
Making install in config
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/config'
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/config'
make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/config'
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/config'
Making install in clipper
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
Making install in core
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-core.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-core.so.2.0.5 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-core.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-core.so.2.0.5 libclipper-core.so.2 || { rm -f libclipper-core.so.2 && ln -s libclipper-core.so.2.0.5 libclipper-core.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-core.so.2.0.5 libclipper-core.so || { rm -f libclipper-core.so && ln -s libclipper-core.so.2.0.5 libclipper-core.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-core.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-core.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-core.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-core.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-core.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-core.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/core" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/core"
 /usr/bin/install -c -m 644 atomsf.h cell.h clipper_instance.h clipper_memory.h clipper_message.h clipper_precision.h clipper_stats.h clipper_sysdep.h clipper_test.h clipper_thread.h clipper_types.h clipper_util.h container.h container_hkl.h container_map.h container_types.h coords.h derivs.h fftmap.h fftmap_sparse.h hkl_compute.h hkl_data.h hkl_datatypes.h hkl_info.h hkl_lookup.h hkl_operators.h map_interp.h map_utils.h nxmap.h nxmap_operator.h ramachandran.h resol_basisfn.h resol_fn.h resol_targetfn.h rotation.h spacegroup_data.h spacegroup.h symop.h test_core.h test_data.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/core'
 /usr/bin/install -c -m 644 xmap.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/core'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/core'
Making install in mmdb
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-mmdb.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-mmdb.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-mmdb.la -rpath /usr/lib clipper_mmdb.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/usr/lib -lmmdb -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/clipper_mmdb.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-core -lmmdb -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-mmdb.so.2 -o .libs/libclipper-mmdb.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-mmdb.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-mmdb.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-mmdb.so.2.0.5 libclipper-mmdb.so.2 || { rm -f libclipper-mmdb.so.2 && ln -s libclipper-mmdb.so.2.0.5 libclipper-mmdb.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-mmdb.so.2.0.5 libclipper-mmdb.so || { rm -f libclipper-mmdb.so && ln -s libclipper-mmdb.so.2.0.5 libclipper-mmdb.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-mmdb.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-mmdb.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-mmdb.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-mmdb.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-mmdb.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-mmdb.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/mmdb" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/mmdb"
 /usr/bin/install -c -m 644 clipper_mmdb.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/mmdb'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/mmdb'
Making install in minimol
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-minimol.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-minimol.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-minimol.la -rpath /usr/lib container_minimol.lo minimol.lo minimol_data.lo minimol_io.lo minimol_seq.lo minimol_utils.lo ../../clipper/mmdb/libclipper-mmdb.la ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/container_minimol.o .libs/minimol.o .libs/minimol_data.o .libs/minimol_io.o .libs/minimol_seq.o .libs/minimol_utils.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-mmdb -lclipper-core -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-minimol.so.2 -o .libs/libclipper-minimol.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-minimol.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-minimol.so.2.0.5 libclipper-minimol.so.2 || { rm -f libclipper-minimol.so.2 && ln -s libclipper-minimol.so.2.0.5 libclipper-minimol.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-minimol.so.2.0.5 libclipper-minimol.so || { rm -f libclipper-minimol.so && ln -s libclipper-minimol.so.2.0.5 libclipper-minimol.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-minimol.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-minimol.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-minimol.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-minimol.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-minimol.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-minimol.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/minimol" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/minimol"
 /usr/bin/install -c -m 644 container_minimol.h minimol_data.h minimol.h minimol_io.h minimol_seq.h minimol_utils.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/minimol'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/minimol'
Making install in ccp4
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-ccp4.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-ccp4.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-ccp4.la -rpath /usr/lib ccp4_map_io.lo ccp4_mtz_io.lo ccp4_mtz_types.lo ccp4_utils.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/usr/lib -lgpp4 -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/ccp4_map_io.o .libs/ccp4_mtz_io.o .libs/ccp4_mtz_types.o .libs/ccp4_utils.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-core -lgpp4 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-ccp4.so.2 -o .libs/libclipper-ccp4.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-ccp4.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-ccp4.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-ccp4.so.2.0.5 libclipper-ccp4.so.2 || { rm -f libclipper-ccp4.so.2 && ln -s libclipper-ccp4.so.2.0.5 libclipper-ccp4.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-ccp4.so.2.0.5 libclipper-ccp4.so || { rm -f libclipper-ccp4.so && ln -s libclipper-ccp4.so.2.0.5 libclipper-ccp4.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-ccp4.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-ccp4.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-ccp4.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-ccp4.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-ccp4.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-ccp4.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/ccp4" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/ccp4"
 /usr/bin/install -c -m 644 ccp4_map_io.h ccp4_mtz_io.h ccp4_mtz_types.h ccp4_utils.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/ccp4'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/ccp4'
Making install in cif
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-cif.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-cif.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-cif.la -rpath /usr/lib cif_data_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -L/usr/lib -lmmdb -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/cif_data_io.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-core -lmmdb -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-cif.so.2 -o .libs/libclipper-cif.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cif.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cif.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-cif.so.2.0.5 libclipper-cif.so.2 || { rm -f libclipper-cif.so.2 && ln -s libclipper-cif.so.2.0.5 libclipper-cif.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-cif.so.2.0.5 libclipper-cif.so || { rm -f libclipper-cif.so && ln -s libclipper-cif.so.2.0.5 libclipper-cif.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cif.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cif.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cif.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cif.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cif.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cif.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/cif" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/cif"
 /usr/bin/install -c -m 644 cif_data_io.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/cif'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cif'
Making install in phs
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-phs.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-phs.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-phs.la -rpath /usr/lib phs_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/phs_io.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-core -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-phs.so.2 -o .libs/libclipper-phs.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-phs.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-phs.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-phs.so.2.0.5 libclipper-phs.so.2 || { rm -f libclipper-phs.so.2 && ln -s libclipper-phs.so.2.0.5 libclipper-phs.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-phs.so.2.0.5 libclipper-phs.so || { rm -f libclipper-phs.so && ln -s libclipper-phs.so.2.0.5 libclipper-phs.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-phs.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-phs.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-phs.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-phs.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-phs.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-phs.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/phs" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/phs"
 /usr/bin/install -c -m 644 phs_io.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/phs'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/phs'
Making install in cns
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-cns.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-cns.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-cns.la -rpath /usr/lib cns_hkl_io.lo cns_map_io.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/cns_hkl_io.o .libs/cns_map_io.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-core -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-cns.so.2 -o .libs/libclipper-cns.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cns.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cns.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-cns.so.2.0.5 libclipper-cns.so.2 || { rm -f libclipper-cns.so.2 && ln -s libclipper-cns.so.2.0.5 libclipper-cns.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-cns.so.2.0.5 libclipper-cns.so || { rm -f libclipper-cns.so && ln -s libclipper-cns.so.2.0.5 libclipper-cns.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cns.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cns.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-cns.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cns.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cns.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-cns.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/cns" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/cns"
 /usr/bin/install -c -m 644 cns_hkl_io.h cns_map_io.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/cns'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/cns'
Making install in contrib
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib'
test -z "/usr/lib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib"
 /bin/bash ../../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libclipper-contrib.la '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib'
libtool: install: warning: relinking `libclipper-contrib.la'
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib; /bin/bash /build/buildd/clipper-2.1+20091215/libtool  --tag CXX --mode=relink c++ -g -O2 -version-info 2:5:0 -Wl,-Bsymbolic-functions -o libclipper-contrib.la -rpath /usr/lib convolution_search.lo edcalc.lo fffear.lo function_object_bases.lo mapfilter.lo originmatch.lo sfcalc.lo sfcalc_obs.lo sfscale.lo sfweight.lo skeleton.lo test_contrib.lo ../../clipper/core/libclipper-core.la -lm -inst-prefix-dir /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp)
libtool: relink: c++ -shared -nostdlib /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crti.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtbeginS.o  .libs/convolution_search.o .libs/edcalc.o .libs/fffear.o .libs/function_object_bases.o .libs/mapfilter.o .libs/originmatch.o .libs/sfcalc.o .libs/sfcalc_obs.o .libs/sfscale.o .libs/sfweight.o .libs/skeleton.o .libs/test_contrib.o   -L/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib -L/usr/lib -lclipper-core -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib -L/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../.. -lstdc++ -lm -lc -lgcc_s /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/crtendS.o /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crtn.o  -Wl,-Bsymbolic-functions   -Wl,-soname -Wl,libclipper-contrib.so.2 -o .libs/libclipper-contrib.so.2.0.5
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-contrib.so.2.0.5T /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-contrib.so.2.0.5
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-contrib.so.2.0.5 libclipper-contrib.so.2 || { rm -f libclipper-contrib.so.2 && ln -s libclipper-contrib.so.2.0.5 libclipper-contrib.so.2; }; })
libtool: install: (cd /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib && { ln -s -f libclipper-contrib.so.2.0.5 libclipper-contrib.so || { rm -f libclipper-contrib.so && ln -s libclipper-contrib.so.2.0.5 libclipper-contrib.so; }; })
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-contrib.lai /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-contrib.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libclipper-contrib.a /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-contrib.a
libtool: install: chmod 644 /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-contrib.a
libtool: install: ranlib /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/lib/libclipper-contrib.a
libtool: install: warning: remember to run `libtool --finish /usr/lib'
test -z "/usr/include/clipper/contrib" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/contrib"
 /usr/bin/install -c -m 644 convolution_search.h edcalc.h fffear.h function_object_bases.h mapfilter.h originmatch.h sfcalc.h sfcalc_obs.h sfscale.h sfweight.h skeleton.h test_contrib.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper/contrib'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper/contrib'
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
make[4]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
make[4]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
test -z "/usr/include/clipper" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper"
 /usr/bin/install -c -m 644 clipper-ccp4.h clipper-cctbx.h clipper-cif.h clipper-cns.h clipper-contrib.h clipper.h clipper-minimol.h clipper-mmdb.h clipper-mmdbold.h clipper-phs.h minimal-clipper-hkl.h minimal-clipper-map.h '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/include/clipper'
make[4]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/clipper'
Making install in examples
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/examples'
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/examples'
test -z "/usr/bin" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin"
  /bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c caniso cecalc cfft chltofom cinvfft clipper_test cmakereference cmaplocal cmodeltoseq cncsfrommodel convert2mtz cpatterson cphasecombine cphasematch csfcalc csfcreate csigmaa csymmatch maketestdata '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin'
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/caniso /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/caniso
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cecalc /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cecalc
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cfft /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cfft
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/chltofom /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/chltofom
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cinvfft /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cinvfft
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/clipper_test /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/clipper_test
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cmakereference /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cmakereference
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cmaplocal /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cmaplocal
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cmodeltoseq /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cmodeltoseq
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cncsfrommodel /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cncsfrommodel
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/convert2mtz /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/convert2mtz
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cpatterson /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cpatterson
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cphasecombine /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cphasecombine
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/cphasematch /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/cphasematch
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csfcalc /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/csfcalc
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csfcreate /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/csfcreate
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csigmaa /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/csigmaa
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/csymmatch /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/csymmatch
libtool: install: warning: `../clipper/contrib/libclipper-contrib.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/ccp4/libclipper-ccp4.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/phs/libclipper-phs.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cns/libclipper-cns.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/cif/libclipper-cif.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/minimol/libclipper-minimol.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: warning: `../clipper/core/libclipper-core.la' has not been installed in `/usr/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/maketestdata /build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin/maketestdata
make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/examples'
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/examples'
Making install in dox
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/dox'
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/dox'
make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/dox'
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215/dox'
make[2]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
make[3]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
test -z "/usr/bin" || /bin/mkdir -p "/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin"
 /usr/bin/install -c clipper-config '/build/buildd/clipper-2.1+20091215/debian/tmp/usr/bin'
make[3]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[3]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
make[2]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
make[1]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
install -D -m644 debian/libclipper2.lintian debian/tmp/usr/share/lintian/overrides/libclipper2
dh_install -s
/usr/bin/make -f debian/rules DH_OPTIONS=-s binary-common
make[1]: Entering directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
dh_testdir
dh_testroot
dh_installchangelogs ChangeLog
dh_installdocs
dh_installexamples
dh_installman
dh_link
dh_strip
dh_strip debug symbol extraction: all non-arch-all packages for this build platform amd64: libclipper-dev libclipper2 
dh_strip debug symbol extraction: packages to act on: libclipper-dev libclipper2 
dh_strip debug symbol extraction: ignored packages: 
WARNING: not running pkgbinarymangler for this package, as requested
dpkg-deb: building package `libclipper2-dbgsym' in `../libclipper2-dbgsym_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.ddeb'.
dh_compress --exclude=examples
dh_fixperms
dh_makeshlibs
dh_installdeb
dh_shlibdeps
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN6CChain13isInSelectionEi used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN6CModel10GetModelIDEPc used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN16CMMDBCoorManager10GetResidueEPKc used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN9CMMDBFile12ReadCoorFileEPKch used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN16CMMDBCoorManager8GetModelEi used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN16CMMDBCoorManager8GetModelEPKc used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN6CModel17GetNumberOfChainsEv used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN9CMMDBFile13WriteCIFASCIIEPKch used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN8CResidue7GetAtomEi used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: symbol _ZN8CResidueC1Ev used by debian/libclipper2/usr/lib/libclipper-minimol.so.2.0.5 found in none of the libraries.
dpkg-shlibdeps: warning: 31 other similar warnings have been skipped (use -v to see them all).
dh_gencontrol
dh_md5sums
dh_builddeb
pkgstriptranslations: processing control file: ./debian/libclipper-dev/DEBIAN/control, package libclipper-dev, directory ./debian/libclipper-dev
pkgstriptranslations: libclipper-dev does not contain translations, skipping
pkgstriptranslations: processing control file: ./debian/libclipper2/DEBIAN/control, package libclipper2, directory ./debian/libclipper2
pkgstriptranslations: libclipper2 does not contain translations, skipping
pkgstriptranslations: no translation files, not creating tarball
pkgstriptranslations: static tarball already exists
pkgmaintainermangler: Not overriding Maintainer for domain ubuntu.com
dpkg-deb: building package `libclipper-dev' in `../libclipper-dev_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb'.
pkgstriptranslations: processing control file: ./debian/libclipper-dev/DEBIAN/control, package libclipper-dev, directory ./debian/libclipper-dev
pkgstriptranslations: libclipper-dev does not contain translations, skipping
pkgstriptranslations: processing control file: ./debian/libclipper2/DEBIAN/control, package libclipper2, directory ./debian/libclipper2
pkgstriptranslations: libclipper2 does not contain translations, skipping
pkgstriptranslations: no translation files, not creating tarball
pkgstriptranslations: static tarball already exists
pkgmaintainermangler: Not overriding Maintainer for domain ubuntu.com
dpkg-deb: building package `libclipper2' in `../libclipper2_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb'.
make[1]: Leaving directory `/build/buildd/clipper-2.1+20091215'
 dpkg-genchanges -B -mUbuntu/amd64 Build Daemon <buildd@yellow.buildd> >../clipper_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.changes
dpkg-genchanges: arch-specific upload - not including arch-independent packages
dpkg-genchanges: binary-only upload - not including any source code
dpkg-buildpackage: binary only upload (no source included)
******************************************************************************
Build finished at 20100126-1659
Publishing debug debs.

chroot-autobuild/build/buildd/libclipper-dev_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb:
 new debian package, version 2.0.
 size 1249726 bytes: control archive= 4105 bytes.
     734 bytes,    18 lines      control              
    9202 bytes,   123 lines      md5sums              
 Package: libclipper-dev
 Source: clipper
 Version: 2.1+20091215-0ubuntu1
 Architecture: amd64
 Maintainer: Morten Kjeldgaard <mok0@ubuntu.com>
 Installed-Size: 6464
 Depends: libclipper2 (= 2.1+20091215-0ubuntu1), libmmdb-dev, libgpp4-dev, sfftw-dev, fftw-dev
 Suggests: libclipper-doc
 Section: libdevel
 Priority: optional
 Homepage: http://www.ysbl.york.ac.uk/~cowtan/clipper/clipper.html
 Description: object oriented library for crystallographic computing
  The aim of the clipper project is to produce a set of object-oriented
  libraries for the organisation of crystallographic data and the performance
  of crystallographic computation.
  .
  This package contains development environment for programs which will use
  the clipper libraries.

chroot-autobuild/build/buildd/libclipper2_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb:
 new debian package, version 2.0.
 size 885464 bytes: control archive= 1200 bytes.
     746 bytes,    17 lines      control              
     836 bytes,    12 lines      md5sums              
     135 bytes,     7 lines   *  postinst             #!/bin/sh
     132 bytes,     7 lines   *  postrm               #!/bin/sh
     243 bytes,     8 lines      shlibs               
 Package: libclipper2
 Source: clipper
 Version: 2.1+20091215-0ubuntu1
 Architecture: amd64
 Maintainer: Morten Kjeldgaard <mok0@ubuntu.com>
 Installed-Size: 2776
 Depends: libc6 (>= 2.4), libgcc1 (>= 1:4.1.1), libgpp4-0 (>= 1.0.4), libmmdb0 (>= 1.19), libstdc++6 (>= 4.4.0), sfftw2
 Section: libs
 Priority: optional
 Homepage: http://www.ysbl.york.ac.uk/~cowtan/clipper/clipper.html
 Description: object oriented library for crystallographic computing
  The aim of the clipper project is to produce a set of object-oriented
  libraries for the organisation of crystallographic data and the performance
  of crystallographic computation.
  .
  This package contains shared libraries needed to run programs that have
  been developed using the clipper libraries.

chroot-autobuild/build/buildd/libclipper-dev_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb:
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/include/
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/
-rw-r--r-- root/root      6505 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/atomsf.h
-rw-r--r-- root/root      7219 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/cell.h
-rw-r--r-- root/root      3257 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_instance.h
-rw-r--r-- root/root      8170 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_memory.h
-rw-r--r-- root/root      6252 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_message.h
-rw-r--r-- root/root      2737 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_precision.h
-rw-r--r-- root/root      8639 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_stats.h
-rw-r--r-- root/root      5326 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_sysdep.h
-rw-r--r-- root/root      2937 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_test.h
-rw-r--r-- root/root      4993 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_thread.h
-rw-r--r-- root/root     28411 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_types.h
-rw-r--r-- root/root      9163 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/clipper_util.h
-rw-r--r-- root/root      5642 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/container.h
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-rw-r--r-- root/root      8921 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/container_map.h
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-rw-r--r-- root/root     39266 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/coords.h
-rw-r--r-- root/root      9812 2010-01-26 16:58 ./usr/include/clipper/core/derivs.h
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-rw-r--r-- root/root       558 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/README
-rw-r--r-- root/root        64 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/AUTHORS
-rw-r--r-- root/root      3070 2010-01-26 16:51 ./usr/share/doc/libclipper-dev/copyright
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-rw-r--r-- root/root      9875 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/cfft.cpp
-rw-r--r-- root/root      3750 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/chltofom.cpp
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-rw-r--r-- root/root      5972 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/cncsfrommodel.cpp
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-rw-r--r-- root/root      9323 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/csymmatch.cpp
-rw-r--r-- root/root      4284 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/maketestdata.cpp
-rw-r--r-- root/root     11413 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/convert2mtz.h
-rw-r--r-- root/root      3478 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/ftplib.h
-rw-r--r-- root/root     18628 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/compress42.c
-rw-r--r-- root/root     27712 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/ftplib.c
-rw-r--r-- root/root     38036 2010-01-26 16:51 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/Makefile
-rw-r--r-- root/root      1712 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/Makefile.am
-rw-r--r-- root/root     37565 2010-01-26 16:51 ./usr/share/doc/libclipper-dev/examples/Makefile.in
-rw-r--r-- root/root       954 2010-01-26 16:51 ./usr/share/doc/libclipper-dev/changelog.Debian.gz
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lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-contrib.so -> libclipper-contrib.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-core.so -> libclipper-core.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-minimol.so -> libclipper-minimol.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-mmdb.so -> libclipper-mmdb.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-phs.so -> libclipper-phs.so.2.0.5

chroot-autobuild/build/buildd/libclipper2_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb:
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drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/
-rw-r--r-- root/root    265544 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-ccp4.so.2.0.5
-rw-r--r-- root/root     43824 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-cif.so.2.0.5
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-rw-r--r-- root/root    673888 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-contrib.so.2.0.5
-rw-r--r-- root/root   1251688 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-core.so.2.0.5
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drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/share/
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/share/lintian/
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/share/lintian/overrides/
-rw-r--r-- root/root        47 2010-01-26 16:58 ./usr/share/lintian/overrides/libclipper2
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/share/doc/
drwxr-xr-x root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/share/doc/libclipper2/
-rw-r--r-- root/root      5651 2010-01-05 22:32 ./usr/share/doc/libclipper2/changelog.gz
-rw-r--r-- root/root      3070 2010-01-26 16:51 ./usr/share/doc/libclipper2/copyright
-rw-r--r-- root/root       954 2010-01-26 16:51 ./usr/share/doc/libclipper2/changelog.Debian.gz
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-ccp4.so.2 -> libclipper-ccp4.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-cif.so.2 -> libclipper-cif.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-cns.so.2 -> libclipper-cns.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-contrib.so.2 -> libclipper-contrib.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-core.so.2 -> libclipper-core.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-minimol.so.2 -> libclipper-minimol.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-mmdb.so.2 -> libclipper-mmdb.so.2.0.5
lrwxrwxrwx root/root         0 2010-01-26 16:58 ./usr/lib/libclipper-phs.so.2 -> libclipper-phs.so.2.0.5

clipper_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.changes:
Format: 1.8
Date: Tue, 05 Jan 2010 23:35:07 +0100
Source: clipper
Binary: libclipper-dev libclipper2 libclipper-doc
Architecture: amd64
Version: 2.1+20091215-0ubuntu1
Distribution: lucid
Urgency: low
Maintainer: Ubuntu/amd64 Build Daemon <buildd@yellow.buildd>
Changed-By: Morten Kjeldgaard <mok0@ubuntu.com>
Description: 
 libclipper-dev - object oriented library for crystallographic computing
 libclipper-doc - doxygen generated documentation for libclipper
 libclipper2 - object oriented library for crystallographic computing
Changes: 
 clipper (2.1+20091215-0ubuntu1) lucid; urgency=low
 .
   * New upstream version. Debian version string now needs to specify
     release date because upstream has not changed version number.
Checksums-Sha1: 
 ecb6a955cea64b86ed9297113f812b0d718e8eda 1249726 libclipper-dev_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb
 7d76afa83cb27db3711a593ce4aafeb10220a40e 885464 libclipper2_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb
Checksums-Sha256: 
 68c93d6f07891eb8ec0e90523311141d15fd82172edca1266623b37073087663 1249726 libclipper-dev_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb
 9f507c44b5d46a041761029d26d179d841744b1956cc78cb38f1b54fe4a6f1f1 885464 libclipper2_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb
Files: 
 1faa9cbbea385e88fa7031796bd1ebbc 1249726 libdevel optional libclipper-dev_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb
 bb4bd41ee0fa78c4892fdf94159ae773 885464 libs optional libclipper2_2.1+20091215-0ubuntu1_amd64.deb

******************************************************************************
Built successfully
Purging chroot-autobuild/build/buildd/clipper-2.1+20091215
------------------------------------------------------------------------------
  /usr/bin/sudo dpkg --purge groff-base libx11-data libglib2.0-0 m4 gettext file libmpich1.0gf libhtml-parser-perl intltool libwww-perl liburi-perl libxdmcp6 libhtml-tree-perl autotools-dev po-debconf quilt libxml-parser-perl libcroco3 libhtml-tagset-perl libgpp4-dev libgpp4-0 libxml2 sfftw2 automake man-db libtool fftw2 intltool-debian libxcb1 libmmdb-dev sfftw-dev cdbs diffstat html2text gettext-base debhelper fftw-dev libmagic1 libmmdb0 libgfortran3 libexpat1 bsdmainutils libxau6 fdupes libpcre3 libx11-6 autoconf
(Reading database ... 15207 files and directories currently installed.)
Removing quilt ...
Purging configuration files for quilt ...
Removing libgpp4-dev ...
Removing libgpp4-0 ...
Purging configuration files for libgpp4-0 ...
Removing libtool ...
Removing libmmdb-dev ...
Removing sfftw-dev ...
Removing cdbs ...
Removing diffstat ...
Removing debhelper ...
Removing fftw-dev ...
Removing libmmdb0 ...
Purging configuration files for libmmdb0 ...
Removing fdupes ...
Removing intltool ...
Removing po-debconf ...
Removing libxml-parser-perl ...
Removing sfftw2 ...
Purging configuration files for sfftw2 ...
Removing automake ...
Removing man-db ...
Purging configuration files for man-db ...
Removing fftw2 ...
Purging configuration files for fftw2 ...
Removing intltool-debian ...
Removing html2text ...
Purging configuration files for html2text ...
Removing libexpat1 ...
Purging configuration files for libexpat1 ...
Removing bsdmainutils ...
Purging configuration files for bsdmainutils ...
Removing autoconf ...
Purging configuration files for autoconf ...
Removing groff-base ...
Purging configuration files for groff-base ...
Removing m4 ...
Removing gettext ...
Removing file ...
Purging configuration files for file ...
Removing libmpich1.0gf ...
Purging configuration files for libmpich1.0gf ...
Removing libwww-perl ...
Removing libhtml-tree-perl ...
Removing autotools-dev ...
Removing libcroco3 ...
Purging configuration files for libcroco3 ...
Removing libxml2 ...
Purging configuration files for libxml2 ...
Removing gettext-base ...
Removing libmagic1 ...
Purging configuration files for libmagic1 ...
Removing libgfortran3 ...
Purging configuration files for libgfortran3 ...
Removing libx11-6 ...
Purging configuration files for libx11-6 ...
Removing libx11-data ...
Removing libglib2.0-0 ...
Purging configuration files for libglib2.0-0 ...
Removing libhtml-parser-perl ...
Removing liburi-perl ...
Removing libhtml-tagset-perl ...
Removing libxcb1 ...
Purging configuration files for libxcb1 ...
Removing libxau6 ...
Purging configuration files for libxau6 ...
Removing libpcre3 ...
Purging configuration files for libpcre3 ...
Removing libxdmcp6 ...
Purging configuration files for libxdmcp6 ...
Processing triggers for libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
******************************************************************************
Finished at 20100126-1659
Build needed 00:07:52, 263192k disk space
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/scan-for-processes ['/usr/share/launchpad-buildd/slavebin/scan-for-processes', '1468881-3016418']
Scanning for processes to kill in build /home/buildd/build-1468881-3016418/chroot-autobuild...
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/umount-chroot ['umount-chroot', '1468881-3016418']
Unmounting chroot for build 1468881-3016418...
RUN: /usr/share/launchpad-buildd/slavebin/remove-build ['remove-build', '1468881-3016418']
Removing build 1468881-3016418